Sejarah Gereja Katolik yang saat ini berada di Indonesia bukan tanpa dinamika. Semuanya berawal dari datangnya bangsa Portugis ke salah satu kepulauan Indonesia yaitu Maluku. Orang pertama yang berhasil menjadi umat Katolik adalah seorang yang berasal dari Maluku, yaitu Kolano (kepala kampung) dari daerah Mamuya (sekarang di Maluku Utara). Ia dibaptis bersama seantero warga desanya pada tahun 1534. Ini dilakukan segera setelah menerima pemberitaan Injil yang dilakukan oleh Gonzalo Veloso, seorang pedagang dari Portugis.
Saat itu para pedagang Portugis baru saja berhasil menemukan kepulauan rempah-rempah Maluku. Ternyata kapal Portugis tak hanya mengangkut kalangan saudagar saja. Kapal ini datang bersamaan dengan serdadu-serdadu. Tak ketinggalan juga para imam Katolik yang datang untuk menyebarkan Injil Kristus.
Salah satu santo yang ikut datang di Indonesia itu adalah Santo Fransiskus Xaverius. Pada tahun 1546 sampai 1547, Santo Fransiskus Xaverius datang mengunjungi Pulau Ambon, Saparua dan Ternate. Tidak hanya berkunjung, Santo Fransiskus Xaverius juga berhasil membaptis beberapa ribu penduduk setempat dan menjadikan Maluku sebagai salah satu pondasi persebaran agama Nasrani di Indonesia.
Perkembangan Katolik di Era VOC
Sejak kedatangan Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC) di Indonesia pada tahun 1619 – 1799, mereka pun akhirnya berhasil mengambil alih kekuasaan politik di Indonesia, Gereja Katolik dilarang untuk melakukan penyebaran agama secara mutlak dan hanya diperbolehkan bertahan di sebagian kecil wilayah yang bukan termasuk wilayah VOC yaitu Pulau-pulau Flores dan Timor.
Para penguasa VOC beragama Protestan, maka mereka mengusir imam-imam Katolik yang berkebangsaan Portugis dan menggantikan mereka dengan pendeta-pendeta Protestan dari Belanda. Banyak umat Katolik yang kemudian diprotestankan saat itu, seperti yang terjadi dengan komunitas-komunitas Katolik di Ambon.
Imam-imam Katolik diancam hukuman mati, kalau ketahuan berkarya di wilayah kekuasaan VOC. Pada 1624 Pastor Egidius d’Abreu SJ dibunuh di Kastel Batavia pada zaman pemerintahan Gubernur Jenderal Jan Pieterszoon Coen, karena mengajar agama dan merayakan Misa Kudus di penjara.
Pastor A. de Rhodes, seorang Yesuit Perancis, pencipta huruf abjad Vietnam, dijatuhi hukuman berupa menyaksikan pembakaran salibnya dan alat-alat ibadat Katolik lainnya di bawah tiang gantungan, tempat dua orang pencuri baru saja digantung, lalu Pastor A. de Rhodes diusir (1646).
Yoanes Kaspas Kratx, seorang Austria, terpaksa meninggalkan Batavia karena usahanya dipersulit oleh pejabat-pejabat VOC, akibat bantuan yang ia berikan kepada beberapa imam Katolik yang singgah di pelabuhan Batavia. Ia pindah ke Makau, masuk Serikat Jesus dan meninggal sebagai seorang martir di Vietnam pada 1737.
Pada akhir abad ke-18 Eropa Barat diliputi perang dahsyat antara Perancis dan Britania Raya bersama sekutunya masing-masing. Simpati orang Belanda terbagi, ada yang memihak Perancis dan sebagian lagi memihak Britania, sampai negeri Belanda kehilangan kedaulatannya.
Pada tahun 1806, Napoleon Bonaparte mengangkat adiknya, Lodewijkatau Louis Napoleon, seorang Katolik, menjadi raja Belanda. Pada tahun 1799 VOC bangkrut dan dinyatakan bubar.
Perkembangan Katolik di Era Hindia Belanda
Perubahan politik di Belanda, khususnya kenaikan tahta Raja Lodewijk, seorang Katolik, membawa pengaruh yang cukup positif. Kebebasan umat beragama mulai diakui pemerintah.
Pada tanggal 8 Mei 1807 pimpinan Gereja Katolik di Roma mendapat persetujuan Raja Louis Napoleon untuk mendirikan Prefektur Apostolik Hindia Belanda di Batavia
Pada tanggal 4 April 1808, dua orang Imam dari Negeri Belanda tiba di Jakarta, yaitu Pastor Jacobus Nelissen, Pr dan Pastor Lambertus Prisen, Pr. Yang diangkat menjadi Prefek Apostolik pertama adalah Pastor J. Nelissen, Pr.
Gubernur Jendral Daendels (1808-1811) berkuasa menggantikan VOC dengan pemerintah Hindia Belanda . Kebebasan beragama kemudian diberlakukan, walaupun agama Katolik saat itu agak dipersulit.
Imam saat itu hanya 5 orang untuk memelihara umat sebanyak 9.000 orang yang hidup berjauhan satu sama lainnya. Akan tetapi pada tahun 1889, kondisi ini membaik, di mana ada 50 orang imam di Indonesia. Di daerah Yogyakarta, misi Katolik dilarang sampai tahun 1891.
Dan perkembangan agama Katolik di Pulau Jawa dimulai dengan masuknya Pastor Van Lith.
